Post-doctoral researcher, NCN OPUS project "The impact of UPF1 ATP mimetics on the mutant immunopeptidome"

JOB OFFER Post-doc (No. 2024_12)
 OFERTA dla  Naukowca ze stopniem doktora (Post-doc) (nr 2024_12)

Position

/Stanowisko:

Post-doc

/Naukowiec ze stopniem doktora

Scientific discipline

/Dyscyplina naukowa:

Biotechnology

/ biotechnologia

Contract type

/Rodzaj umowy:

Employment contract

/umowa o pracę

Number of job offers

/Liczba ofert pracy:

1

Monthly salary

/Miesięczne wynagrodzenie:

gross monthly salary approx. 8 700 PLN (before tax and social insurance dedutions)

/ ok. 8 700 PLN brutto

Position starts on

/Rozpoczęcie pracy od: 

As soon as possible

/w najszybszym możliwym terminie

Maximum  period of contract

/Maksymalny okres obowiązywania umowy:

3 months with possibility to extend up to 11 months in total

/3 miesiące z możliwością  przedłużenia do 11 miesięcy w sumie

Institution

/Instytucja:

International Centre for Cancer Vaccine Science, University of Gdansk, Poland

/Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi), Uniwersytet Gdański, Polska

Address /Adres: ul. Kładki 24, 80-809  Gdańsk, Polska

Project leader

/Kierownik projektu:

prof. Theodore Hupp

Project title

/Tytuł projektu:

"The impact of UPF1 ATP mimetics on the mutant immunopeptidome” no. UMO-2020/39/B/NZ7/02677.

/"Wpływ mimetyków UPF1 ATP na zmutowany immunopeptydom” nr UMO-2020/39/B/NZ7/02677.

Offer description

/ Opis oferty:

We are looking for a post-doc to work in the International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) hosted by the University of Gdańsk. The position is offered in the frame of the project "The impact of UPF1 ATP mimetics on the mutant immunopeptidome”. The project is funded by the National Science Centre within the programme OPUS under grant agreement no. UMO-2020/39/B/NZ7/02677.

Poszukujemy naukowca ze stopniem doktora, który dołączy do zespołu badawczy Międzynarodowego Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego. Oferta pracy dotyczy stanowiska w ramach projektu /"Wpływ mimetyków UPF1 ATP na zmutowany immunopeptydom”. Projekt realizowany jest w ramach programu OPUS finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki w ramach umowy nr UMO-2020/39/B/NZ7/02677.

About the project

The postdoctoral researcher will work within the project: The impact of UPF1 ATP mimetics on the mutant immunopeptidome led by prof. Theodore Hupp (grant agreement: UMO-2020/39/B/NZ7/02677). The project is a bilateral cooperation with the Gdańsk University of Technology, funded by NCN within the funding programme OPUS. The project  focuses on understanding the mechanism and physiological functions of the NMD pathway which can have the potential for treating certain genetic diseases and cancer. Co-authors are dr hab. eng. Umesh Kalathiya from the ICCVS, University of Gdańsk and prof. Sławomir Makowiec from the Gdańsk University of Technology. There is an opportunity to access the Cyfronet Ares (37 824 computing cores and 147,7 TB of RAM) and CI TASK Tryton (~38, 000 cores) supercomputer clusters, which are consistently represented among the top 500 super computers in the world.

O projekcie

Naukowiec będzie pracował w ramach projektu: Wpływ mimetyków UPF1 ATP na zmutowany immunopeptydom kierowanego przez prof. Theodora Hupp-a (umowa grantowa: UMO-2020/39/B/NZ7/02677).  Projekt jest dwustronną współpracą z Politechniką Gdańską, finansowaną przez NCN w ramach programu OPUS. Projekt koncentruje się na zrozumieniu mechanizmu i fizjologicznych funkcji szlaku NMD, co może mieć potencjał w leczeniu niektórych chorób genetycznych i nowotworowych. Współautorami są dr hab. inż. Umesh Kalathiya z ICCVS, Uniwersytetu Gdańskiego oraz prof. Sławomir Makowiec z Politechniki Gdańskiej. W ramach projektu oferujemy możliwość uzyskania dostępu do klastrów superkomputerowych Cyfronet Ares (37 824 rdzenie obliczeniowe i 147,7 TB pamięci RAM) oraz CI TASK Tryton (~38 000 rdzeni), które są klasowane wśród 500 najlepszych superkomputerów na świecie.

About ICCVS

The International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) has been established in 2017 as a joint unit of the University of Gdańsk (UG) and the University of Edinburgh (UoE) within a project carried out within the International Research Agendas Programme of the Foundation for Polish Science funded from the European Regional Development Fund. The aim of ICCVS has been comprehensive research into development of novel diagnostic and prognostic markers and  personalized anti-cancer therapies and vaccines, followed by their commercialization and implementation into clinical practice. ICCVS works on a range of national and international research  projects concentrating on cancer biology and novel approaches to immunotherapies. The focus of the ICCVS is the development of personalized vaccine against non-small cell lung cancer (NSCLC). The approach is based on use of cancer specific T cells that are selected by the special algorithm elaborated at ICCVS. The first in vitro and in vivo studies are very encouraging, and the team plans to start clinical trials in a few years perspective.

More information at:  www.iccvs.ug.edu.pl

O ICCVS

International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) powstało w 2017 roku jako wspólna jednostka Uniwersytetu Gdańskiego (UG) i Uniwersytetu w Edynburgu (UoE) w ramach projektu realizowanego w programie Międzynarodowe Agendy Badawcze Fundacji na rzecz Nauki Polskiej finansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Celem ICCVS są kompleksowe badania nad rozwojem nowych markerów diagnostycznych i prognostycznych oraz spersonalizowanych terapii i szczepionek przeciwnowotworowych, a następnie ich komercjalizacja i wdrożenie do praktyki klinicznej. ICCVS pracuje nad szeregiem krajowych i międzynarodowych projektów badawczych koncentrujących się na biologii nowotworów i nowych strategiach wykorzystania immunoterapii w onkologii. Głównym celem prac w ICCVS jest opracowanie spersonalizowanej szczepionki przeciwko niedrobnokomórkowemu rakowi płuca. Podejście to opiera się na wykorzystaniu specyficznych dla nowotworu limfocytów T, za pomocą specjalnych algorytmów opracowanych w ICCVS. Pierwsze badania in vitro i in vivo są bardzo obiecujące, a zespół planuje rozpocząć badania kliniczne w perspektywie kilku lat.

Więcej informacji na stronie: www.iccvs.ug.edu.pl

Key responsibilities include

/ Kluczowe obowiązki obejmują:

1. Applying molecular modeling techniques to investigate the targeted NMD components.
2. Conducting research within the project.
3. Biological evaluation for the selected novel compounds and its derivatives against target; hUPF1 or other components form the NMD process.
4. Designing in vitro experiments for the selected ligands (or derivatives) for the UPF1 protein using thermal shift assay or cellular thermal shift assay methods.
5. Sample preparation for the CLMS analysis, to identify peptides and proteins.
6. Participate in designing experiments for the FRET assay to study interactions between UPF1, UPF2, UPF3a, and UPF3b proteins from the NMD pathway.
7. Visualization and presentation of the obtained results during internal meetings as well as scientific conferences.
8. Publishing the obtained results in scientific journals.
9. Other tasks related to scientific activity under the project defined by the project manager.

1. Zastosowanie technik modelowania molekularnego w celu zbadania docelowych komponentów NMD.
2. Prowadzenie badań naukowych w ramach projektu.
3. Ocena biologiczna wybranych nowych związków i ich pochodnych względem celu; hUPF1 lub innych składników procesu NMD.
4. Projektowanie eksperymentów in vitro dla wybranych ligandów (lub pochodnych) dla białka UPF1 przy użyciu metod testu przesunięcia termicznego lub komórkowego testu przesunięcia termicznego.
5. Przygotowywanie próbek do analizy CLMS w celu identyfikacji peptydów i białek.
6. Udział w projektowaniu eksperymentów dla testu FRET w celu zbadania interakcji między białkami UPF1, UPF2, UPF3a i UPF3b ze szlaku NMD.
7. Wizualizacja i prezentacja uzyskanych wyników podczas spotkań wewnętrznych oraz konferencji naukowych.
8. Publikacja uzyskanych wyników w czasopismach naukowych.
9. Inne zadania związane z działalnością naukową w ramach projektu określone przez kierownika projektu.

Profile of candidates and requirements

/Profil kandydatów i wymagania:

1. Doctoral degree obtained not earlier than 7 years before the year of employment in the project (excluding leaves related to the care and upbringing of children) in an entity other than that in which this position is to be filled, or has completed a continuous and documented postdoctoral training of at least 10 months at an institution other than the entity implementing the project, and in a country other than the country in which the doctoral degree was obtained.
2. Understanding of protein dynamics and investigating targeted active / allosteric site pockets is an advantage.
3. Knowledge of using and optimizing the thermal shift assay (TSA) to understand the activity of novel hit molecules compounds.
4. Understanding of cross-linking mass spectrometry (CLMS) field, to investigate different cancer types treated with novel hit molecules.
5. Basic knowledge of using fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay to study protein-protein interactions.
6. Knowledge of handling biochemical issues and experimental techniques.
7. Good knowledge of the English language (written and spoken).

1. Stopień naukowy doktora uzyskany nie wcześniej niż 7 lat przed rokiem zatrudnienia w projekcie (z wyłączeniem urlopów związanych z opieką nad dzieckiem i urlopem wychowawczym) w podmiocie innym niż ten, w którym stanowisko to ma zostać obsadzone, lub ukończył nieprzerwany i udokumentowany staż podoktorski trwający co najmniej 10 miesięcy w instytucji innej niż podmiot realizujący projekt oraz w kraju innym niż kraj uzyskania stopnia naukowego doktora.
2. Zrozumienie dynamiki białek i badanie ukierunkowanych kieszeni aktywnych / allosterycznych jest dodatkowym atutem.
3. Wiedza na temat stosowania i optymalizacji testu przesunięcia termicznego (TSA) w celu zrozumienia aktywności nowych związków.
4. Wiedza w dziedzinie spektrometrii mas z sieciowaniem (CLMS) w celu zbadania różnych typów nowotworów leczonych nowymi cząsteczkami.
5. Podstawowa wiedza na temat stosowania testu transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) do badania interakcji białko-białko.
6. Znajomość zagadnień biochemicznych i technik eksperymentalnych.
7. Dobra znajomość języka angielskiego (w mowie i piśmie).

We offer

/Oferujemy:

1. Employment contract for up to 11 months (full time, “adjunct” position) with possibility of prolongation, after 3 months initial contract. Salary before tax & social insurance deductions approx. 8.700 PLN (gross). Additional yearly remuneration (so-called “13th salary”) if eligible and according to binding provisions at the University
2. Starting date to be discussed, as soon as possible.
3. Friendly and inspiring working atmosphere.
4. Presentation of work at international and national conferences.
5. While employed in this project, the candidate shall not receive remuneration coming from direct costs of other NCN research projects as well as from another employment contract, including an employer from outside Poland.
6. In case of questions, you are encouraged to contact dr hab. eng. Monikaben Padariya at monikaben.padariya@ug.edu.pl  before submitting the application.

1. Umowa o pracę na okres do 11 miesięcy (pełny etat, stanowisko „adiunkt”) z możliwością przedłużenia, po 3 miesiącach. Wynagrodzenie przed odliczeniem podatku i składek na ubezpieczenie społeczne ok. 8.700 PLN brutto. Dodatkowe wynagrodzenie roczne (tzw. „13-stka”), jeśli przysługuje i zgodnie z przepisami obowiązującymi w Uczelni.
2. Data rozpoczęcia do omówienia, tak szybko jak to możliwe.
3. Przyjazną i inspirującą atmosferę pracy.
4. Prezentację prac na konferencjach międzynarodowych i krajowych.
5. W okresie zatrudnienia w tym projekcie kandydat nie może otrzymywać wynagrodzenia pochodzącego z kosztów bezpośrednich innych projektów badawczych NCN, jak również z innej umowy o pracę, w tym z pracodawcą spoza Polski.
6. W przypadku pytań zachęcamy do kontaktu z dr hab. Inż. Monikaben Padariya mailowo na monikaben.padariya@ug.edu.pl przed złożeniem aplikacji.

General rules of the recruitment process

/Ogólne zasady procesu rekrutacji:

1. The decision will be made by the Recruitment Committee (RC) established by the Vice-Rector of the University of Gdańsk and chaired by the Project Principal Investigator.
2. An interview will be held  (online or onsite).
3. The RC reserves the right to invite only  pre-selected candidates for the interview.
4. The RC’s decision is final and is not subject to appeal.
5. The RC reserves the right to close the competition without selecting a candidate.

1. Decyzja zostanie podjęta przez Komisję Rekrutacyjną (KR) powołana przez Prorektora UG, której przewodniczy Kierownik Projektu.
2. Zaplanowano przeprowadzenie  rozmowy kwalifikacyjny (osobiście lub online).
3. KR zastrzega sobie prawo do zaproszenia na rozmowę kwalifikacyjną wyłącznie wstępnie wybranych kandydatów.
4. Decyzja KR jest ostateczna i nie podlega odwołaniu.
5. KR zastrzega sobie prawo do zamknięcia konkursu bez wyłonienia kandydata.

Required documents

/Wymagane dokumenty:

1. Curriculum vitae with a list of publications and achievements;
2. Motivation letter (including statement of current scientific interests) – up to 2 pages;
3. References: contact details (name, affiliation, email) of two senior researchers who can be contacted for references.
4. Declaration of the applicant that his work is not financed by other projects of the National Science Center.
5. Signed statement on the GDPR information clause for this job offer – template provided below.
6. Scan of PhD diploma.

Documents referring to items 1-5 should be prepared in English and sent merged as  ONE pdf file.

1. Życiorys zawierający: listę publikacji oraz opis dorobku badawczego;
2. List motywacyjny (w tym określenie aktualnych zainteresowań naukowych) - do 2 stron;
3. Referencje: dane kontaktowe (nazwisko, afiliacja, email) dwóch samodzielnych pracowników naukowych, od których można będzie uzyskać referencje.
4. Deklaracja o braku finansowania pracy kandydata z innych projektów NCN.
5. Podpisana zgoda na przetwarzanie danych osobowych – wzór dostępny poniżej.
6. Skan dyplomu doktorskiego.

Dokumenty dot. pkt 1-5 powinny być sporządzone w języku angielskim i przesłane jako jeden scalony plik Pdf.

Submit the documents to

/Prześlij dokumeny do:

iccvs@ug.edu.pl please add the reference PhD_2024_12 in the email subject

Application deadline

/Termin nadsyłania zgłoszeń:

4 Nov 2024 / 4 listopada 2024 23:59:59

For more details visit

/Więcej informacji znajdziesz pod adresem:

www.iccvs.ug.edu.pl