Post-doctoral researcher, NCN SONATA project "Mechanisms for Establishment of Transcriptional Memory"

Post-doctoral researcher

/Naukowiec ze stopniem doktora

Biotechnology

/ biotechnologia

Employment contract

/umowa o pracę

1

gross monthly salary approx. 8 700 PLN (before tax and social insurance dedutions)

/ ok. 8 700 PLN brutto

As soon as possible

/w najszybszym możliwym terminie

6 months with possibility to extend up to 34 months in total

/6 miesięcy z możliwością  przedłużenia do 34 miesięcy w sumie

International Centre for Cancer Vaccine Science, University of Gdansk, Poland

/Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi), Uniwersytet Gdański, Polska

Address /Adres: ul. Kładki 24, 80-809  Gdańsk, Polska

Dr hab. Wojciech Siwek

"Mechanisms for Establishment of Transcriptional Memory”, grant agreement no. UMO-2022/47/D/NZ1/01883

/"Mechanizmy Inicjacji Pamięci Transkrypcyjnej” nr UMO-2022/47/D/NZ1/01883.

We are looking for a post-doc to work in the International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) hosted by the University of Gdańsk. The position is offered in the Immune Memory & Cell Reprogramming research group led by  dr hab. Wojciech Siwek. The position is offered in the frame of the project "Mechanisms for Establishment of Transcriptional Memory”. The project is funded by the National Science Centre within the programme SONATA under grant agreement no. UMO-2022/47/D/NZ1/01883.

Poszukujemy naukowca ze stopniem doktora, który dołączy do zespołu badawczy Międzynarodowego Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego. Stanowisko oferowane jest w grupie badawczej Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek kierowanej przez  dra hab. Wojciecha Siwka. Oferta pracy dotyczy stanowiska w ramach projektu "Mechanizmy Inicjacji Pamięci Transkrypcyjnej”. Projekt realizowany jest w ramach programu SONATA finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki w ramach umowy nr UMO-2022/47/D/NZ1/01883.

About the project

This project aims to discover novel epigenetic mechanisms by understanding cellular, molecular and structural aspects of initiation of interferon-gamma (IFNγ) transcriptional memory.

Epigenetics is a process that describes a heritable phenotype resulting from changes in the cell without alterations in the DNA sequence. It is fundamental for multicellular life as it maintains gene expression during growth and in adulthood.

Transcription factor feedback loops can sustain active gene expression but are not always required. This suggests that other processes are involved in preserving active transcription. Strikingly, such mechanisms are largely unknown. This knowledge gap comes from the fact that uncoupling transcription from maintenance of active states is difficult to achieve experimentally. Due to this reason the field of epigenetics is almost exclusively focused on studying the mechanisms responsible for sustained gene silencing. To uncouple transcription form maintenance, and gain access to novel epigenetic mechanisms, I am exploring a phenomenon present in innate immunity: transcriptional memory. During this process, cells primed with a certain cue will show increased rates of gene expression after restimulation many days later.

In our previous work, we set up a robust transcriptional memory protocol using interferon gamma (IFNγ) stimulation. We discovered novel genes that show the effect and gained initial insights into the molecular mechanisms controlling initiation of the phenomenon. We discovered locally acting repressors and identified specific transcription factors involved in the establishment of transcriptional memory. Moreover, we showed that initiation of memory is not just a simple consequence of transcription as artificial activation of a memory gene does not lead to memory initiation. We are now in a unique position to understand this epigenetic problem in unprecedented detail. We have the necessary tools, expertise and preliminary data to uncover novel mechanisms of transcriptional memory.

In this project, we want to understand how IFNγ transcriptional memory is initiated on a cellular, molecular and structural levels; generalize the discoveries to maintenance of active transcription and translate the knowledge to macrophage biology. We have four major aims: (1) determine what factors are required for establishment of transcriptional memory; (2) reconstitute the memory initiation complex in vitro; (3) generalize the discoveries to maintenance of active transcription in other cell types; and (4) translate the knowledge to maintenance of macrophage identity, in cell lines and primary cells.

In summary, this project addresses a major knowledge gap and will lead to fundamental discoveries in epigenetics. It will bring about multidisciplinary training of future scientists. Insights from this research will uncover new avenues for manipulation of the innate immune system for the benefit of public health, with particular focus on macrophage based anti-cancer immunotherapies. This will pave the way for industrial collaboration and new jobs in the biotechnology sector.

About the Research Group Immune Memory & Cell Reprogramming

The Group aims to discover novel molecular mechanisms of gene regulation and epigenetics. The focus is on understanding how interferon-gamma mediated transcriptional memory is initiated, maintained and recalled; with the long-term goal to translate this research into the clinic.

Research focus:

Proper regulation of gene expression is fundamental for multicellular life. In my research, I am interested in how cells maintain gene expression states. I am exploring a phenomenon present in the innate immune system – transcriptional memory as a model system. Transcriptional memory is a process during which cells exposed to a certain cue (induction) will remember the experience and respond to the second stimulation with the same signal (reinduction) more strongly. I am studying how this process works in human cells.

Grupa Badawcza Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek

Grupa badawcza Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek zajmuje się odkrywaniem nowych mechanizmów molekularnych regulacji genów oraz dziedziczenia epigenetycznego. Głównym celem badań jest zrozumienie, w jaki sposób inicjowana, utrzymywana i przywoływana jest pamięć transkrypcyjna indukowana interferonem-gamma. Długofalowym celem jest zakotwiczenie tych badan w komórkach pierwotnych i translacja do kliniki.

Prowadzone badania:

Odpowiednia regulacja ekspresji genów jest fundamentalna dla życia wielokomórkowego. W moich badaniach interesuje mnie, w jaki sposób komórki utrzymują stany ekspresji genów. Analizuję zjawisko występujące we wrodzonym układzie odpornościowym – pamięć transkrypcyjną. Pamięć transkrypcyjna to proces, w którym komórki wystawione na działanie określonego sygnału (indukcja) „zapamiętują” to doświadczenie i reagują na drugą stymulację tym samym sygnałem (reindukcja) silniej. Badam, jak ten proces jest regulowany w komórkach ludzkich.

About ICCVS

The International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) has been established in 2017 as a joint unit of the University of Gdańsk (UG) and the University of Edinburgh (UoE) within a project carried out within the International Research Agendas Programme of the Foundation for Polish Science funded from the European Regional Development Fund. The aim of ICCVS has been comprehensive research into development of novel diagnostic and prognostic markers and  personalized anti-cancer therapies and vaccines, followed by their commercialization and implementation into clinical practice. ICCVS works on a range of national and international research  projects concentrating on cancer biology and novel approaches to immunotherapies. The focus of the ICCVS is the development of personalized vaccine against non-small cell lung cancer (NSCLC). The approach is based on use of cancer specific T cells that are selected by the special algorithm elaborated at ICCVS. The first in vitro and in vivo studies are very encouraging, and the team plans to start clinical trials in a few years perspective.

More information at:  www.iccvs.ug.edu.pl

International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) powstało w 2017 roku jako wspólna jednostka Uniwersytetu Gdańskiego (UG) i Uniwersytetu w Edynburgu (UoE) w ramach projektu realizowanego w programie Międzynarodowe Agendy Badawcze Fundacji na rzecz Nauki Polskiej finansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Celem ICCVS są kompleksowe badania nad rozwojem nowych markerów diagnostycznych i prognostycznych oraz spersonalizowanych terapii i szczepionek przeciwnowotworowych, a następnie ich komercjalizacja i wdrożenie do praktyki klinicznej. ICCVS pracuje nad szeregiem krajowych i międzynarodowych projektów badawczych koncentrujących się na biologii nowotworów i nowych strategiach wykorzystania immunoterapii w onkologii. Głównym celem prac w ICCVS jest opracowanie spersonalizowanej szczepionki przeciwko niedrobnokomórkowemu rakowi płuca. Podejście to opiera się na wykorzystaniu specyficznych dla nowotworu limfocytów T, za pomocą specjalnych algorytmów opracowanych w ICCVS. Pierwsze badania in vitro i in vivo są bardzo obiecujące, a zespół planuje rozpocząć badania kliniczne w perspektywie kilku lat.

Więcej informacji na stronie: www.iccvs.ug.edu.pl

1. Actively conducting scientific research according to the project’s research programme.

2. Presentation and discussion of ideas and results at ICCVS and at external events.

3. Participation in training, protocol development, seminars, group meetings, and other activities of scientific exchange.

1. Aktywne prowadzenie badań naukowych zgodnie z przyjętym w projekcie programem badawczym,

2. Prezentacja i dyskusja pomysłów oraz wyników w ICCVS i podczas zewnętrznych wydarzeń.

3. Udział w seminariach, spotkaniach zespołu i innych działaniach związanych z wymianą naukową.

1. PhD degree in biotechnology/biology or similar discipline

2. Passionate about human molecular biology, mechanisms of gene expression, epigenetics and innate immunity. Goal oriented, kind, open-minded, team player, professional and well organized.

3. Experience with cell culture and molecular biology techniques.

4. Experienced in writing scientific manuscripts.

5. Good written, oral communication and presentation skills.

6. Good knowledge of English.

7. The candidate should be committed to working collaboratively within an inclusive and diverse multicultural environment.

8. PhD degree obtained maximum 7 years before the year of employment in the project. It can be extended beyond 7 years for the following properly documented circumstances: a) Maternity - 18 months extension for each child born before or after the date of the successful defense of their PhD degree. If the applicant can document a longer total maternity leave, the eligibility period will be extended by the documented number of actual leave(s) for all children taken.
   b) Paternity extension by the documented time of paternity leave taken for each child.
   c) Long-term illness (>90 days): extension by the documented amount of leave.

9. PhD degree obtained in an entity other than University of Gdansk, or the candidate has completed a continuous and documented postdoctoral training of at least 10 months at an institution abroad.

1. Stopień doktora w dziedzinie biotechnologii lub biologii lub pokrewnej

2. Zainteresowanie biologia molekularną, mechanizmami ekspresji genów, epigenetyką i odpornością wrodzoną. Osoba zorientowana na osiąganie celów, uprzejma, otwarta, dobrze współpracująca w zespole, profesjonalna i dobrze zorganizowana.

3. Doświadczenie w hodowli komórek  oraz metod biologii molekularnej.

4. Doświadczenie w opracowywaniu publikacji naukowych.

5. Dobre umiejętności komunikacji pisemnej i ustnej oraz umiejętności prezentacji.

6. Dobra znajomość języka angielskiego.

7. Kandydat powinien być otwarty na współpracę w inkluzywnym i zróżnicowanym kulturowo środowisku.

8. Stopień doktora uzyskany maksymalnie 7 lat przed rokiem zatrudnienia w projekcie. Termin może zostać przedłużony powyżej 7 lat w następujących odpowiednio udokumentowanych okolicznościach:  a)Macierzyństwo - przedłużenie o 18 miesięcy na każde dziecko urodzone przed lub po dacie pomyślnej obrony stopnia doktora. Jeśli wnioskodawca może udokumentować dłuższy całkowity urlop macierzyński, okres kwalifikowalności zostanie przedłużony o udokumentowaną liczbę faktycznie wykorzystanych urlopów na wszystkie dzieci.b) Przedłużenie z powodu urlopu ojcowskiego o udokumentowany okres urlopu ojcowskiego wykorzystanego na każde dziecko. C) Długotrwała choroba (>90 dni): przedłużenie o udokumentowany okres urlopu.

9. Stopień doktora uzyskany w jednostce innej niż Uniwersytet Gdański lub kandydat odbył nieprzerwany i udokumentowany staż podoktorski trwający co najmniej 10 miesięcy w instytucji zagranicznej.

1. Employment contract for up to 35 months (full time, “adjunct” position) with possibility of prolongation after 6 months initial contract. Salary before tax & social insurance deductions approx. 8.700 PLN (gross). Additional yearly remuneration (so-called “13th salary”) if eligible and according to binding provisions at the University

2. Holiday allowance/ Christmas allowance, if eligible and according to binding provisions at the University

3. Possibility of paid participation in private medical insurance, Multisport offer, life insurance.

4. Starting date to be discussed, as soon as possible.

5. Friendly and inspiring working atmosphere.

6. Presentation of work at international and national conferences.

7. Scientific connections at Harvard and Oxford Universities.

8. Possibility of co-financing additional training e.g. bioinformatics or postgraduate studies in management.

9. While employed in this project, the candidate shall not receive remuneration coming from direct costs of other NCN research projects as well as from another employment contract, including an employer from outside Poland.

10. In case of questions, you are encouraged to contact dr hab. Wojciech Siwek wojciech.siwek@ug.edu.pl  before submitting the application.

1. Umowa o pracę na okres do 28 miesięcy (pełny etat, stanowisko „adiunkt”) z możliwością przedłużenia, po 3 miesiącach. Wynagrodzenie przed odliczeniem podatku i składek na ubezpieczenie społeczne ok. 8.700 PLN brutto. Dodatkowe wynagrodzenie roczne (tzw. „13-stka”), jeśli przysługuje i zgodnie z przepisami obowiązującymi w Uczelni.

2. Dofinansowanie wypoczynku / świąteczne, jeśli przysługuje, zgodnie z przepisami obowiązującymi w Uczelni

3. Możliwość odpłatnego udziału w prywatnym ubezpieczeniu medycznym, ofercie Multisport, ubezpieczeniu na życie.

4. Data rozpoczęcia do omówienia, tak szybko jak to możliwe.

5. Przyjazną i inspirującą atmosferę pracy.

6. Prezentację prac na konferencjach międzynarodowych i krajowych.

7. Kontakty naukowe na Uniwersytetach Harvarda i Oxforda.

8. Możliwość dofinansowania dodatkowych szkoleń np. z bioinformatyki lub studiów podyplomowych z zarządzania.

9. W okresie zatrudnienia w tym projekcie kandydat nie może otrzymywać wynagrodzenia pochodzącego z kosztów bezpośrednich innych projektów badawczych NCN, jak również z innej umowy o pracę, w tym z pracodawcą spoza Polski.

10. W przypadku pytań zachęcamy do kontaktu z dr hab. Wojciechem Siwkiem wojciech.siwek@ug.edu.pl przed złożeniem aplikacji.

1. The decision will be made by the Recruitment Committee (RC) established by the Vice-Rector of the University of Gdańsk and chaired by the Project Principal Investigator.

2. An interview will be held  (online or onsite).

3. The RC reserves the right to invite only  pre-selected candidates for the interview.

4. The RC’s decision is final and is not subject to appeal.

5. The RC reserves the right to close the competition without selecting a candidate.

1. Decyzja zostanie podjęta przez Komisję Rekrutacyjną (KR) powołana przez Prorektora UG, której przewodniczy Kierownik Projektu.

2. Zaplanowano przeprowadzenie  rozmowy kwalifikacyjny (osobiście lub online).

3. KR zastrzega sobie prawo do zaproszenia na rozmowę kwalifikacyjną wyłącznie wstępnie wybranych kandydatów.

4. Decyzja KR jest ostateczna i nie podlega odwołaniu.

5. KR zastrzega sobie prawo do zamknięcia konkursu bez wyłonienia kandydata.

1. Curriculum vitae with a list of publications and achievements;

2. Motivation letter (including statement of current scientific interests) – up to 2 pages;

3. References: contact details (name, affiliation, email) of two senior researchers who can be contacted for references.

4. Declaration of the applicant that his work is not financed by other projects of the National Science Center.

5. Signed statement on the GDPR information clause for this job offer – template provided below.

6. Scan of PhD diploma.

Documents referring to items 1-5 should be prepared in English and sent merged as  ONE pdf file.

1. Życiorys zawierający: listę publikacji oraz opis dorobku badawczego;

2. List motywacyjny (w tym określenie aktualnych zainteresowań naukowych) - do 2 stron;

3. Referencje: dane kontaktowe (nazwisko, afiliacja, email) dwóch samodzielnych pracowników naukowych, od których można będzie uzyskać referencje.

4. Deklaracja o braku finansowania pracy kandydata z innych projektów NCN.

5. Podpisana zgoda na przetwarzanie danych osobowych – wzór dostępny poniżej.

6. Skan dyplomu doktorskiego.

Dokumenty dot. pkt 1-5 powinny być sporządzone w języku angielskim i przesłane jako jeden scalony plik Pdf.

iccvs@ug.edu.pl please add the reference PhD_2024_15 in the email subject

13 January 2025, 23:59:59

www.iccvs.ug.edu.pl