Post-doc (biotechnology) for the project "Science for Welfare, Innovations and Forceful Therapies" (SWIFT)

Post-doctoral Researcher

/Naukowiec ze stopniem doktora

Biotechnology

/ biotechnologia

employment contract

/umowa o pracę

1

gross monthly salary (before tax and social insurance) up to ~12 000 PLN  

/miesięczne wynagrodzenie brutto do ok. ~12 000 zł

As soon as possible, the start date is negotiable

/W najszybszym możliwym terminie, data rozpoczęcia podlega negocjacjom

24 months (including first contract for 6 months with extension, full time employment, subject to periodical evaluations, possibility of extending the contract)

/24 miesiące (w tym pierwsza umowa na 6 miesięcy z możliwością przedłużenia,  zatrudnienie w pełnym wymiarze czasu pracy, podlegające okresowym ocenom, możliwość przedłużenia umowy)

International Centre for Cancer Vaccine Science, University of Gdansk, Poland

/Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi), Uniwersytet Gdański, Polska

Address /Adres: ul. Kładki 24, 80-809  Gdańsk, Polska

Prof. dr hab. Natalia Marek-Trzonkowska

Science for Welfare, Innovations and Forceful Therapies

/Nauka dla dobra społecznego, innowacji i skutecznych terapii (SWIFT)

Contract No. / nr umowy  FENG.02.01-IP.05-0031/23

We are looking for a Post-doctoral Researcher to work in the International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) hosted by the University of Gdańsk. The position is offered in the Clinical Peptidomics research group led by  Dr Sachin Kote.

Poszukujemy naukowca  ze stopniem doktora do pracy w Międzynarodowym Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego. Stanowisko oferowane jest w grupie badawczej  Peptydomika Kliniczna kierowanym przez  dra Sachina Kote.

The position is offered in the frame of the  project No. FENG.02.01-IP.05-0031/23  "Science for Welfare, Innovations, and Forceful Therapies (SWIFT)”. The project is implemented under the International Research Agenda program financed by the European Funds for a Smart Economy 2021-2027 (FENG), Priority FENG.02 Innovation-friendly environment, Measure FENG.02.01 International Research Agendas.

Oferty pracy dotyczy stanowiska w ramach projektu  nr FENG.02.01-IP.05-0031/23 pn. "Nauka dla dobra społecznego, innowacji i skutecznych terapii". Projekt realizowany jest w ramach programu Międzynarodowe Agendy Badawcze finansowanego z Funduszy Europejskich na rzecz inteligentnej gospodarki 2021-2027 (FENG), Priorytet FENG.02 Środowisko sprzyjając  innowacjom, Działanie FENG.02.01 Międzynarodowe Agendy Badawcze.

About the SWIFT project / O projekcie SWIFT

ICCVS is the Center of Excellence established in 2017 as part of the IRAP programme of FNP at the University of Gdańsk. Since then we have elaborated an algorithm for identification of cancer specific T cells, which selectively kill autologous tumour but not healthy lung tissue. Simultaneously, we have developed the method for identification and quantification of cancer specific antigens (neoantigens) presented by MHC class I molecules of the tumour. Therefore, in the current project we want to use this experience and knowhow to develop comprehensive anti-cancer therapy that will be translated into clinical trial and will open new research pathways in oncology. To achieve this goal the current project is composed of the following 2 parts which will be developed in parallel: 1). Clinical Trial and 2) Research and Development Activities focused on improvement of the approach tested in clinical trial. With the SWIFT project we aim to stream R&D activity into the following directions: 1). Identification of neoantigens presented by the tumour MHC class I and class II molecules and isolation of T cell clones that recognize them (groups involved: Clinical Peptidomics, Cancer Immunology, Structural Peptidomics and Immune Memory & Cell Reprogramming) 2). Determination of specific receptor-ligand pairs responsible for docking of cancer derived extracellular vesicles (EVs) to T cells (groups involved: Clinical Peptidomics, Structral Proteomics and Cancer Immunology) 3). Development of the strategies preventing T cell reprogramming by cancer derived EVs (groups involved: Immune Memory & Cell Reprogramming, Structural Proteomics and Cancer Immunology) 4). Modification of tumour microenvironment with reprogrammed autologous monocytes (groups involved: Immune Memory & Cell Reprogramming, Cancer Immunology, Structutal Proteomics and Clinical Peptidomics).

ICCVS to Centrum Doskonałości utworzone w 2017 r. w ramach programu MAB FNP w Uniwersytecie Gdańskim. Od tego czasu opracowaliśmy algorytm identyfikacji limfocytów T, które selektywnie rozpoznają i niszczą autologiczne komórki nowotworowe. Równolegle opracowaliśmy metodę identyfikacji i ilościowego oznaczania antygenów specyficznych dla nowotworu prezentowanych przez jego cząsteczek MHC klasy I (neoantygeny). W związku z tym w ramach obecnego projektu chcemy wykorzystać tę wiedzę i know-how do opracowania kompleksowej terapii przeciwnowotworowej, która zostanie przeniesiona do fazy badań klinicznych i otworzy nowe ścieżki badawcze w onkologii. Aby osiągnąć ten cel, obecny projekt składa się z następujących dwóch części, które będą rozwijane równolegle: 1) Badanie kliniczne i 2) Działalność badawczo-rozwojowa skupiona na doskonaleniu podejścia testowanego w badaniu klinicznym. W projekcie SWIFT planujemy skierować działalność B+R w następujących kierunkach: 1). Identyfikacja neoantygenów prezentowanych przez cząsteczki MHC klasy I i klasy II nowotworu oraz izolacja klonów limfocytów T, które je rozpoznają (grupy zaangażowane: Peptydomika Kliniczna, Immunologia Nowotworów, Peptydomika Strukturalna, Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek) 2). Określenie par receptor-ligand odpowiedzialnych za łączenie się nowotworowych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EVs) do limfocytów T (grupy zaangażowane: Peptydomika Kliniczna, Proteomika Strukturalna i Immunologia Nowotworów) 3). Opracowanie strategii zapobiegających reprogramowaniu limfocytów T przez nowotworowe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe (grupy zaangażowane: Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek, Proteomika Strukturalna i Immunologia Nowotworów) 4). Modyfikacja mikrośrodowiska nowotworu za pomocą reprogramowanych autologicznych monocytów (grupy zaangażowane: Pamięć Immunologiczna & Reprogramowanie Komórek, Immunologia Nowotworów, Proteomika Strukturalna i Peptydomika Kliniczna).

About the Research Group /O grupie badawczej

Clinical Peptidomics Group

The Clinical Peptidomics group focuses on mass spectrometry (MS)-based immunopeptidomics and neoantigen discovery for NSCLC to enhance cellular therapies and facilitate translational research. The group established robust, high-volume quantitative proteome and peptidome profiling pipelines for cellular and clinical materials, ultimately applying this expertise to biomarker discovery, diagnostic, and personalized therapies.

Research focus:

The identification, quantification of neoantigens presented by MHC class I and class II molecules from the clinical samples. The key steps include, clinical sample collection, sample preparation, and MS measurements with comprehensive data analysis. The comprehensive proteomics characterizations include the following biological samples: proteomics of cancer-derived extracellular vesicles (EVs), multiplexed T cell/target cell membrane proteomic/ surfaceome, modified tumor microenvironment with reprogrammed autologous monocytes, and protein–protein interactions analysis by cross-linking mass spectrometry (CLMS). MS-based neoantigen discovery and proteome/peptidome-based biomarker discovery will deliver new cell therapeutic/ personalized immunotherapy and diagnostic technologies.

Grupa Badawcza Peptydomika Kliniczna

Prace Grupy Badawczej Peptydomiki Klinicznej skupiają się na immunopeptydomice i poszukiwaniu neoantygenów dla nie drobnokomórkowego raka płuc z zastosowaniem spektrometrii mas, które mogą być następnie wykorzystane w badaniach translacyjnych. W trakcie dotychczasowych badań opracowano metodologię wysokoprzepustowej analizy proteomicznej i peptydomicznej próbek pochodzących z hodowli komórkowych jak również tkanek ludzkich, umożliwiając poszukiwanie biomarkerów, diagnostykę oraz terapię spersonalizowaną.

Prowadzone badania:

Identyfikacja i oznaczenie ilościowe neoantygenów prezentowanych przez cząsteczki MHC klasy I i II w próbkach klinicznych. Kluczowymi zadaniami będzie bankowanie próbek, izolacja ligandów MHC oraz wykonywanie pomiarów LC/MS wraz z analizą danych. Ponadto, analiza proteomiczna próbek takich jak – egzosomy pochodzące z nowotworu, proteomika błon limfocytów T oraz ich celów komórkowych, analiza proteomiczna modyfikacji mikrośrodowiska guza przez sztucznie programowane monocyty oraz oznaczanie oddziaływań białko-białko z zastosowaniem sieciowania sprzężonego ze spektrometrią mas.

Identyfikacja neaoantygenów nowotworowych wraz z opartym na proteomice i peptydomice oznaczeniu biomarkerów pozwoli na opracowanie nowych technik terapii komórkowej, spersonalizowanej immunoterapii oraz technik diagnostycznych.

About ICCVS / O ICCVS

The International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) has been established in 2017 as a joint unit of the University of Gdańsk (UG) and the University of Edinburgh (UoE) within a project carried out within the International Research Agendas Programme of the Foundation for Polish Science funded from the European Regional Development Fund. The aim of ICCVS has been comprehensive research into development of novel diagnostic and prognostic markers and  personalized anti-cancer therapies and vaccines, followed by their commercialization and implementation into clinical practice. ICCVS works on a range of national and international research  projects concentrating on cancer biology and novel approaches to immunotherapies. The focus of the ICCVS is the development of personalized vaccine against non-small cell lung cancer (NSCLC). The approach is based on use of cancer specific T cells that are selected by the special algorithm elaborated at ICCVS. The first in vitro and in vivo studies are very encouraging, and the team plans to start clinical trials in a few years perspective.

More information at:  www.iccvs.ug.edu.pl

International Centre for Cancer Vaccine Science (ICCVS) powstało w 2017 roku jako wspólna jednostka Uniwersytetu Gdańskiego (UG) i Uniwersytetu w Edynburgu (UoE) w ramach projektu realizowanego w programie Międzynarodowe Agendy Badawcze Fundacji na rzecz Nauki Polskiej finansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Celem ICCVS są kompleksowe badania nad rozwojem nowych markerów diagnostycznych i prognostycznych oraz spersonalizowanych terapii i szczepionek przeciwnowotworowych, a następnie ich komercjalizacja i wdrożenie do praktyki klinicznej. ICCVS pracuje nad szeregiem krajowych i międzynarodowych projektów badawczych koncentrujących się na biologii nowotworów i nowych strategiach wykorzystania immunoterapii w onkologii. Głównym celem prac w ICCVS jest opracowanie spersonalizowanej szczepionki przeciwko niedrobnokomórkowemu rakowi płuca. Podejście to opiera się na wykorzystaniu specyficznych dla nowotworu limfocytów T, za pomocą specjalnych algorytmów opracowanych w ICCVS. Pierwsze badania in vitro i in vivo są bardzo obiecujące, a zespół planuje rozpocząć badania kliniczne w perspektywie kilku lat.

Więcej informacji na stronie: www.iccvs.ug.edu.pl

1. Actively conducting scientific research according to the project’s research programme.

2. Presentation and discussion of ideas and results at ICCVS and at external events.

3. Participation in training, protocol development, seminars, group meetings, and other activities of scientific exchange.

1. Aktywne prowadzenie badań naukowych zgodnie z przyjętym w projekcie programem badawczym,

2. Prezentacja i dyskusja pomysłów oraz wyników w ICCVS i podczas zewnętrznych wydarzeń.

3. Udział w seminariach, spotkaniach zespołowych i innych działaniach związanych z wymianą naukową.

1. PhD degree in Biotechnology or fields related to cancer biology (PhD degree obtained no earlier than 2020).

2. Experience with molecular, cellular biology techniques and analytical method development skills. Experience with proteomics and immunopeptidomics sample preparation, hands-on mass spectrometry and data analysis would be add on.

3. Abroad research experience (at least 1 year).

4. Good written, oral communication and presentation skills.

5. Good knowledge of English.

6. National/International grants/funding writing experience.

7. The candidate should be committed to working collaboratively within an inclusive and diverse multicultural environment.

1. Stopień doktora w dziedzinie Biotechnologia lub pokrewnej związanej z biologią nowotworów (stopień doktora uzyskany nie wcześniej niż w 2020).

2. Wymagane umiejętności:

 Doświadczenie w technikach biologii molekularnej i komórkowej. Doświadczenie w przygotowaniu metod analitycznych. Znajomość technik przygotowania próbek do analizy proteomu oraz immunopeptydomu oraz praktyczna znajomość technik LC/MS będzie dodatkowym atutem.

3. Minimum roczne doświadczenie w pracy badawczej za granicą.

4. Dobre umiejętności komunikacji pisemnej i ustnej oraz umiejętności prezentacji.

5. Dobra znajomość języka angielskiego.

6. Doświadczenie w przygotowaniu wniosków grantowych krajowych i międzynarodowych.

7. Kandydat powinien być otwarty na współpracę w inkluzywnym i zróżnicowanym kulturowo środowisku.

1. Full-time employment at the International Centre for Cancer Vaccine Science at the University of Gdansk. The start date of employment is negotiable. The employment period may be extended after a periodic evaluation.

2. Additional yearly remuneration (so-called “13th salary”), if eligible and according to binding provisions at the University

3. Holiday allowance/ Christmas allowance, if eligible and according to binding provisions at the University

4. Scientific and organizational support.

5. Basic research equipment and specialist laboratory facilities.

6. Friendly, inspiring, interdisciplinary environment.

1. Zatrudnienie na pełny etat w Międzynarodowym Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego. Data rozpoczęcia zatrudnienia podlega negocjacjom. Okres zatrudnienia może zostać przedłużony po ocenie okresowej.

2. Dodatkowe wynagrodzenie roczne, jeśli przysługuje, zgodnie z przepisami obowiązującymi w Uczelni

3. Dofinansowanie wypoczynku / świąteczne, jeśli przysługuje, zgodnie z przepisami obowiązującymi w Uczelni

4. Wsparcie naukowe i organizacyjne.

5. Podstawowa i specjalistyczna aparatura laboratoryjna.

6. Przyjazne, inspirujące, interdyscyplinarne środowisko.

1. The decision will be made by the Recruitment Committee (RC) no later than 3 months from the deadline for submission of applications.

2. An interview will be held  (online or onsite). The interview is planned for late August - early September.

3. The RC reserves the right to invite only  pre-selected candidates for the interview.

4. The RC’s decision is final and is not subject to appeal.

5. The RC reserves the right to close the competition without selecting a candidate.

6. In the event of resignation from accepting the position of the selected candidate, the RC has the right to send the offer to a person placed on the reserve list, and in the absence of such a list, the RC has the right to reconsider the applications submitted to the competition and to select another candidate.

1. Decyzja zostanie podjęta przez Komisję Rekrutacyjną (KR) nie później niż 3 miesiące od upływu terminu składania aplikacji.

2. Zaplanowano przeprowadzenie  rozmowy kwalifikacyjny (osobiście lub online). Rozmowa planowana jest w okresie koniec sierpnia / początek września.

3. KR zastrzega sobie prawo do zaproszenia na rozmowę kwalifikacyjną wyłącznie wstępnie wybranych kandydatów.

4. Decyzja KR jest ostateczna i nie podlega odwołaniu.

5. KR zastrzega sobie prawo do zamknięcia konkursu bez wyłonienia kandydata.

6. W przypadku rezygnacji z przyjęcia stanowiska przez wybranego kandydata, KR ma prawo skierować ofertę do osoby umieszczonej na liście rezerwowej, a w przypadku braku takiej listy, KR ma prawo do ponownego rozpatrzenia zgłoszeń nadesłanych na konkurs i wybrania nowego kandydata.

1. Curriculum vitae with a list of publications (if any), and a list of ongoing research projects (with specification of role in the research if unclear); a list of conference talks (if any), and a list of trainings (if any); a list of academic prizes and awards (if any);

2. PDF files of (at most) three relevant papers by the candidate (or web links, in the case of open access publications);

3. Motivation letter (including statement of current scientific interests) – up to 2 pages;

4. Signed statement on the GDPR information clause for this job offer downloaded from: https://iccvs.ug.edu.pl/work-with-us/open-positions/

5. Documents confirming academic degrees (a scan of doctoral diploma or document certifying that the title has been granted or a declaration about the planned date of defense  which should not be later than 6 months from the date of announcement of this job offer)

NOTE: Before signing the employment contract, the person selected in the competition is requested to submit to the University of Gdansk the original of the PhD diploma.

6. References: contact details (name, affiliation, email) of two senior researchers who can be contacted for references.

Documents referring to items 1-4 should be prepared in English and sent merged as  ONE pdf file.

1. Życiorys zawierający: listę publikacji (jeśli dotyczy) oraz listę realizowanych projektów badawczych (z określeniem roli kandydata w badaniach, jeśli jest niejasna); listę wystąpień na konferencjach i warsztatach (jeśli dotyczy) oraz listę nagród i wyróżnień naukowych (jeśli dotyczy);

2. Pliki PDF (co najwyżej) trzech istotnych artykułów kandydata (lub linki internetowe, w przypadku publikacji w otwartym dostępie);

3. List motywacyjny (w tym określenie aktualnych zainteresowań naukowych) - do 2 stron;

4. Podpisana zgoda na przetwarzanie danych osobowych – wzór dostępny tutaj: https://iccvs.ug.edu.pl/work-with-us/open-positions/

5. Dokumenty potwierdzające stopnie naukowe (skan dyplomu doktorskiego lub zaświadczenie o uzyskaniu tytułu lub oświadczenie o planowym terminie obrony (nie później niż 6 miesiące od daty ogłoszenia konkursu)).

UWAGA: Przed podpisaniem umowy o pracę osoba wyłoniona w konkursie proszona jest o dostarczenie do Uniwersytetu Gdańskiego oryginału dyplomu doktorskiego. Na etapie zatrudnienia inne dokumenty nie będą honorowane.

6. Referencje: dane kontaktowe (nazwisko, afiliacja, email) dwóch samodzielnych pracowników naukowych, od których można będzie uzyskać referencje.

Dokumenty dot. pkt 1-4  powinny być sporządzone w języku angielskim i przesłane jako jeden scalony plik Pdf.

iccvs@ug.edu.pl

18 August 2024, 23:59:59

www.iccvs.ug.edu.pl